El hoy conocido como el Hospital del Santo, cuyo nombre más tradicional y asentado a lo largo de la historia fue el de “Santo Hospital”, es una de la instituciones más antiguas y arraigadas de la ciudad. Su origen se remonta a la época del propio Santo Domingo de la Calzada, pues fue él quien fundó un hospital para peregrinos atendido por hombres y mujeres que formaban una cofradía.

Hasta 1840 el edificio en el que se ubicó esta institución caritativa y asistencial fue situado en el que hoy es el Parador de Turismo construido a finales del siglo XV sobre un anterior hospital. Fue una de las protecciones más significativas durante la Edad Media. En el siglo XVIII fue el cabildo eclesiástico el que se encargó de administrar y gestionar esta importante obra del Santo.

El 23 de julio de 1784 por mandatos de Carlos III se creó una junta de Hospitalidad, pasando a formar parte de la gestión y gobierno del Hospital varios miembros del ayuntamiento, dejando por tanto de ser una institución gestionada en exclusiva por el cabildo eclesiástico de la ciudad. Actualmente la gestión de la Fundación es llevada por el Patronato cuyos miembros son según los Estatutos, representantes del ayuntamiento, de la iglesia y personas buenas del pueblo.

En 1789 se aprobaron las nuevas ordenanzas del Santo Hospital.

En 1778 la Corona creó en la ciudad un hospicio o Casa de Misericordia para recoger a los pobres que no tenían cabida en el hospital ya que al hospital llegaban muchos pobres que no podían ser atendidos, pues su contenido principal era recoger a peregrinos y enfermos. Poco después la Casa de Misericordia se trasladó a dependencias del Hospital encargándose este de recoger a todo tipo de gente necesitada.

En 1830 se instalaron en el viejo Hospital para encargarse de su gestión, las Hijas de la Caridad de San Vicente de Paul, posteriormente las Hijas de la Caridad dejan a un lado la gestión del Hospital del Santo, para dedicarse a labores de voluntariado. En el año 2023 las Hijas de la Caridad dejaron de prestar servicio en el Hospital del Santo debido a su avanzada edad y la falta de relevo generacional.

En 1838 el convento de San Francisco queda exclaustrado y abandonado siendo cedido por el Estado al Ayuntamiento para ser destinado a Hospital y Casa de Beneficencia.

En 1840 finalizaban las obras de adecuación de las nuevas dependencias del ex convento San Francisco.